Kenshin telah menetap di kehidupan barunya dengan Kaoru dan teman-temannya yang lain ketika dia didekati dengan permintaan dari pemerintah Meiji. Makoto Shishio, mantan pembunuh seperti Kenshin, dikhianati, dibakar dan dibiarkan mati. Dia bertahan, dan sekarang berada di Kyoto, merencanakan dengan mengumpulkan para pejuangnya untuk menggulingkan pemerintahan baru tersebut. Melawan keinginan Kaoru, Kenshin dengan enggan setuju untuk pergi ke Kyoto dan membantu negaranya untuk tidak kembali ke dalam perang saudara.