Rainbow Days berpusat pada sekelompok empat siswa sekolah menengah yang merupakan teman dekat: Natsuki, Tomoya, Keiichi, dan Tsuyoshi. Keempat anak laki-laki tidak memiliki kegiatan klub, dan mereka bergegas belajar sehingga mereka dapat menghabiskan hari-hari mereka bersenang-senang. Topik utama mereka yang menarik: cinta. Natsuki naksir tak berbalas pada Anna, seorang gadis dari kelas lain, dan teman-temannya terus campur dalam hubungan mereka.